Module protkit.metrics.scoring_matrix
Implements class ScoringMatrix for scoring residue pairs.
A scoring matrix is a table of scores that are used to align sequences or to evaluate the similarity of two sequences. The scores are used to determine the quality of the alignment or the similarity of the sequences. The scores are based on the likelihood of a residue pair occurring in an alignment, and are often derived from multiple sequence alignments.
The BLOSUM62 scoring matrix is a popular scoring matrix for protein sequences. It is based on the frequencies of residue pairs in a multiple sequence alignment of protein sequences. The scores are log-odds scores, and are used to evaluate the similarity of two protein sequences.
Expand source code
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding:utf-8 -*-
# Authors: Fred Senekal (FS)
# Contact: fred@silicogenesis.com
# License: GPLv3
"""
Implements class `ScoringMatrix` for scoring residue pairs.
A scoring matrix is a table of scores that are used to align sequences or to evaluate the
similarity of two sequences. The scores are used to determine the quality of the alignment
or the similarity of the sequences. The scores are based on the likelihood of a residue pair
occurring in an alignment, and are often derived from multiple sequence alignments.
The BLOSUM62 scoring matrix is a popular scoring matrix for protein sequences. It is based on
the frequencies of residue pairs in a multiple sequence alignment of protein sequences. The
scores are log-odds scores, and are used to evaluate the similarity of two protein sequences.
"""
from typing import Dict
class ScoringMatrix:
BLOSUM62 = {
'A': {'A': 4, 'C': 0, 'D': -2, 'E': -1, 'F': -2, 'G': 0, 'H': -2, 'I': -1, 'K': -1, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -2, 'P': -1, 'Q': -1, 'R': -1, 'S': 1, 'T': 0, 'V': 0, 'W': -3, 'Y': -2},
'C': {'A': 0, 'C': 9, 'D': -3, 'E': -4, 'F': -2, 'G': -3, 'H': -3, 'I': -1, 'K': -3, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -1, 'W': -2, 'Y': -2},
'D': {'A': -2, 'C': -3, 'D': 6, 'E': 2, 'F': -3, 'G': -1, 'H': -1, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -4, 'M': -3, 'N': 1, 'P': -1, 'Q': 0, 'R': -2, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -3, 'W': -4, 'Y': -3},
'E': {'A': -1, 'C': -4, 'D': 2, 'E': 5, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 2, 'R': 0, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2},
'F': {'A': -2, 'C': -2, 'D': -3, 'E': -3, 'F': 6, 'G': -3, 'H': -1, 'I': 0, 'K': -3, 'L': 0, 'M': 0, 'N': -3, 'P': -4, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -2, 'T': -2, 'V': -1, 'W': 1, 'Y': 3},
'G': {'A': 0, 'C': -3, 'D': -1, 'E': -2, 'F': -3, 'G': 6, 'H': -2, 'I': -4, 'K': -2, 'L': -4, 'M': -3, 'N': 0, 'P': -2, 'Q': -2, 'R': -2, 'S': 0, 'T': -2, 'V': -3, 'W': -2, 'Y': -3},
'H': {'A': -2, 'C': -3, 'D': -1, 'E': 0, 'F': -1, 'G': -2, 'H': 8, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 1, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': 0, 'S': -1, 'T': -2, 'V': -3, 'W': -2, 'Y': 2},
'I': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -3, 'F': 0, 'G': -4, 'H': -3, 'I': 4, 'K': -3, 'L': 2, 'M': 1, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -2, 'T': -1, 'V': 3, 'W': -3, 'Y': -1},
'K': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -1, 'E': 1, 'F': -3, 'G': -2, 'H': -1, 'I': -3, 'K': 5, 'L': -2, 'M': 0, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 1, 'R': 2, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2},
'L': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -4, 'E': -3, 'F': 0, 'G': -4, 'H': -3, 'I': 2, 'K': -2, 'L': 4, 'M': 2, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -2, 'R': -2, 'S': -2, 'T': -1, 'V': 1, 'W': -2, 'Y': -1},
'M': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -2, 'F': 0, 'G': -3, 'H': -2, 'I': 1, 'K': 0, 'L': 2, 'M': 5, 'N': -2, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': -1, 'S': -1, 'T': -1, 'V': 1, 'W': -1, 'Y': -1},
'N': {'A': -2, 'C': -3, 'D': 1, 'E': 0, 'F': -3, 'G': 0, 'H': 1, 'I': -3, 'K': 0, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 6, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': 0, 'S': 1, 'T': 0, 'V': -3, 'W': -4, 'Y': -2},
'P': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -1, 'E': -1, 'F': -4, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': -2, 'P': 7, 'Q': -1, 'R': -2, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -4, 'Y': -3},
'Q': {'A': -1, 'C': -3, 'D': 0, 'E': 2, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 1, 'L': -2, 'M': 0, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 5, 'R': 1, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -2, 'Y': -1},
'R': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -2, 'E': 0, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 2, 'L': -2, 'M': -1, 'N': 0, 'P': -2, 'Q': 1, 'R': 5, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -3, 'W': -3, 'Y': -2},
'S': {'A': 1, 'C': -1, 'D': 0, 'E': 0, 'F': -2, 'G': 0, 'H': -1, 'I': -2, 'K': 0, 'L': -2, 'M': -1, 'N': 1, 'P': -1, 'Q': 0, 'R': -1, 'S': 4, 'T': 1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2},
'T': {'A': 0, 'C': -1, 'D': -1, 'E': -1, 'F': -2, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -1, 'K': -1, 'L': -1, 'M': -1, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': -1, 'R': -1, 'S': 1, 'T': 5, 'V': 0, 'W': -2, 'Y': -2},
'V': {'A': 0, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -2, 'F': -1, 'G': -3, 'H': -3, 'I': 3, 'K': -2, 'L': 1, 'M': 1, 'N': -3, 'P': -2, 'Q': -2, 'R': -3, 'S': -2, 'T': 0, 'V': 4, 'W': -3, 'Y': -1},
'W': {'A': -3, 'C': -2, 'D': -4, 'E': -3, 'F': 1, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -3, 'K': -3, 'L': -2, 'M': -1, 'N': -4, 'P': -4, 'Q': -2, 'R': -3, 'S': -3, 'T': -2, 'V': -3, 'W': 11, 'Y': 2},
'Y': {'A': -2, 'C': -2, 'D': -3, 'E': -2, 'F': 3, 'G': -3, 'H': 2, 'I': -1, 'K': -2, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -2, 'P': -3, 'Q': -1, 'R': -2, 'S': -2, 'T': -2, 'V': -1, 'W': 2, 'Y': 7}
}
def __init__(self,
matrix: Dict[str, Dict[str, int]] = BLOSUM62,
no_match_score: int = 0):
"""
Initialize the scoring matrix.
Args:
matrix (Dict[str, Dict[str, int]]): The scoring matrix.
Returns:
"""
self._matrix = matrix
self._no_match_score = no_match_score
def score(self, residue1: str, residue2: str) -> int:
"""
Returns the score of the two residues.
Args:
residue1 (str): The first residue.
residue2 (str): The second residue.
Returns:
int: The score of the two residues.
"""
row = self._matrix.get(residue1, None)
if row is None:
return self._no_match_score
return row.get(residue2, self._no_match_score)Classes
class ScoringMatrix (matrix: Dict[str, Dict[str, int]] = {'A': {'A': 4, 'C': 0, 'D': -2, 'E': -1, 'F': -2, 'G': 0, 'H': -2, 'I': -1, 'K': -1, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -2, 'P': -1, 'Q': -1, 'R': -1, 'S': 1, 'T': 0, 'V': 0, 'W': -3, 'Y': -2}, 'C': {'A': 0, 'C': 9, 'D': -3, 'E': -4, 'F': -2, 'G': -3, 'H': -3, 'I': -1, 'K': -3, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -1, 'W': -2, 'Y': -2}, 'D': {'A': -2, 'C': -3, 'D': 6, 'E': 2, 'F': -3, 'G': -1, 'H': -1, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -4, 'M': -3, 'N': 1, 'P': -1, 'Q': 0, 'R': -2, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -3, 'W': -4, 'Y': -3}, 'E': {'A': -1, 'C': -4, 'D': 2, 'E': 5, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 2, 'R': 0, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2}, 'F': {'A': -2, 'C': -2, 'D': -3, 'E': -3, 'F': 6, 'G': -3, 'H': -1, 'I': 0, 'K': -3, 'L': 0, 'M': 0, 'N': -3, 'P': -4, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -2, 'T': -2, 'V': -1, 'W': 1, 'Y': 3}, 'G': {'A': 0, 'C': -3, 'D': -1, 'E': -2, 'F': -3, 'G': 6, 'H': -2, 'I': -4, 'K': -2, 'L': -4, 'M': -3, 'N': 0, 'P': -2, 'Q': -2, 'R': -2, 'S': 0, 'T': -2, 'V': -3, 'W': -2, 'Y': -3}, 'H': {'A': -2, 'C': -3, 'D': -1, 'E': 0, 'F': -1, 'G': -2, 'H': 8, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 1, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': 0, 'S': -1, 'T': -2, 'V': -3, 'W': -2, 'Y': 2}, 'I': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -3, 'F': 0, 'G': -4, 'H': -3, 'I': 4, 'K': -3, 'L': 2, 'M': 1, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -2, 'T': -1, 'V': 3, 'W': -3, 'Y': -1}, 'K': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -1, 'E': 1, 'F': -3, 'G': -2, 'H': -1, 'I': -3, 'K': 5, 'L': -2, 'M': 0, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 1, 'R': 2, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2}, 'L': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -4, 'E': -3, 'F': 0, 'G': -4, 'H': -3, 'I': 2, 'K': -2, 'L': 4, 'M': 2, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -2, 'R': -2, 'S': -2, 'T': -1, 'V': 1, 'W': -2, 'Y': -1}, 'M': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -2, 'F': 0, 'G': -3, 'H': -2, 'I': 1, 'K': 0, 'L': 2, 'M': 5, 'N': -2, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': -1, 'S': -1, 'T': -1, 'V': 1, 'W': -1, 'Y': -1}, 'N': {'A': -2, 'C': -3, 'D': 1, 'E': 0, 'F': -3, 'G': 0, 'H': 1, 'I': -3, 'K': 0, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 6, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': 0, 'S': 1, 'T': 0, 'V': -3, 'W': -4, 'Y': -2}, 'P': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -1, 'E': -1, 'F': -4, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': -2, 'P': 7, 'Q': -1, 'R': -2, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -4, 'Y': -3}, 'Q': {'A': -1, 'C': -3, 'D': 0, 'E': 2, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 1, 'L': -2, 'M': 0, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 5, 'R': 1, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -2, 'Y': -1}, 'R': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -2, 'E': 0, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 2, 'L': -2, 'M': -1, 'N': 0, 'P': -2, 'Q': 1, 'R': 5, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -3, 'W': -3, 'Y': -2}, 'S': {'A': 1, 'C': -1, 'D': 0, 'E': 0, 'F': -2, 'G': 0, 'H': -1, 'I': -2, 'K': 0, 'L': -2, 'M': -1, 'N': 1, 'P': -1, 'Q': 0, 'R': -1, 'S': 4, 'T': 1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2}, 'T': {'A': 0, 'C': -1, 'D': -1, 'E': -1, 'F': -2, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -1, 'K': -1, 'L': -1, 'M': -1, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': -1, 'R': -1, 'S': 1, 'T': 5, 'V': 0, 'W': -2, 'Y': -2}, 'V': {'A': 0, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -2, 'F': -1, 'G': -3, 'H': -3, 'I': 3, 'K': -2, 'L': 1, 'M': 1, 'N': -3, 'P': -2, 'Q': -2, 'R': -3, 'S': -2, 'T': 0, 'V': 4, 'W': -3, 'Y': -1}, 'W': {'A': -3, 'C': -2, 'D': -4, 'E': -3, 'F': 1, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -3, 'K': -3, 'L': -2, 'M': -1, 'N': -4, 'P': -4, 'Q': -2, 'R': -3, 'S': -3, 'T': -2, 'V': -3, 'W': 11, 'Y': 2}, 'Y': {'A': -2, 'C': -2, 'D': -3, 'E': -2, 'F': 3, 'G': -3, 'H': 2, 'I': -1, 'K': -2, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -2, 'P': -3, 'Q': -1, 'R': -2, 'S': -2, 'T': -2, 'V': -1, 'W': 2, 'Y': 7}}, no_match_score: int = 0)-
Initialize the scoring matrix.
Args
matrix:Dict[str, Dict[str, int]]- The scoring matrix.
Returns:
Expand source code
class ScoringMatrix: BLOSUM62 = { 'A': {'A': 4, 'C': 0, 'D': -2, 'E': -1, 'F': -2, 'G': 0, 'H': -2, 'I': -1, 'K': -1, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -2, 'P': -1, 'Q': -1, 'R': -1, 'S': 1, 'T': 0, 'V': 0, 'W': -3, 'Y': -2}, 'C': {'A': 0, 'C': 9, 'D': -3, 'E': -4, 'F': -2, 'G': -3, 'H': -3, 'I': -1, 'K': -3, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -1, 'W': -2, 'Y': -2}, 'D': {'A': -2, 'C': -3, 'D': 6, 'E': 2, 'F': -3, 'G': -1, 'H': -1, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -4, 'M': -3, 'N': 1, 'P': -1, 'Q': 0, 'R': -2, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -3, 'W': -4, 'Y': -3}, 'E': {'A': -1, 'C': -4, 'D': 2, 'E': 5, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 2, 'R': 0, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2}, 'F': {'A': -2, 'C': -2, 'D': -3, 'E': -3, 'F': 6, 'G': -3, 'H': -1, 'I': 0, 'K': -3, 'L': 0, 'M': 0, 'N': -3, 'P': -4, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -2, 'T': -2, 'V': -1, 'W': 1, 'Y': 3}, 'G': {'A': 0, 'C': -3, 'D': -1, 'E': -2, 'F': -3, 'G': 6, 'H': -2, 'I': -4, 'K': -2, 'L': -4, 'M': -3, 'N': 0, 'P': -2, 'Q': -2, 'R': -2, 'S': 0, 'T': -2, 'V': -3, 'W': -2, 'Y': -3}, 'H': {'A': -2, 'C': -3, 'D': -1, 'E': 0, 'F': -1, 'G': -2, 'H': 8, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 1, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': 0, 'S': -1, 'T': -2, 'V': -3, 'W': -2, 'Y': 2}, 'I': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -3, 'F': 0, 'G': -4, 'H': -3, 'I': 4, 'K': -3, 'L': 2, 'M': 1, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -3, 'R': -3, 'S': -2, 'T': -1, 'V': 3, 'W': -3, 'Y': -1}, 'K': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -1, 'E': 1, 'F': -3, 'G': -2, 'H': -1, 'I': -3, 'K': 5, 'L': -2, 'M': 0, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 1, 'R': 2, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2}, 'L': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -4, 'E': -3, 'F': 0, 'G': -4, 'H': -3, 'I': 2, 'K': -2, 'L': 4, 'M': 2, 'N': -3, 'P': -3, 'Q': -2, 'R': -2, 'S': -2, 'T': -1, 'V': 1, 'W': -2, 'Y': -1}, 'M': {'A': -1, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -2, 'F': 0, 'G': -3, 'H': -2, 'I': 1, 'K': 0, 'L': 2, 'M': 5, 'N': -2, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': -1, 'S': -1, 'T': -1, 'V': 1, 'W': -1, 'Y': -1}, 'N': {'A': -2, 'C': -3, 'D': 1, 'E': 0, 'F': -3, 'G': 0, 'H': 1, 'I': -3, 'K': 0, 'L': -3, 'M': -2, 'N': 6, 'P': -2, 'Q': 0, 'R': 0, 'S': 1, 'T': 0, 'V': -3, 'W': -4, 'Y': -2}, 'P': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -1, 'E': -1, 'F': -4, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -3, 'K': -1, 'L': -3, 'M': -2, 'N': -2, 'P': 7, 'Q': -1, 'R': -2, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -4, 'Y': -3}, 'Q': {'A': -1, 'C': -3, 'D': 0, 'E': 2, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 1, 'L': -2, 'M': 0, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': 5, 'R': 1, 'S': 0, 'T': -1, 'V': -2, 'W': -2, 'Y': -1}, 'R': {'A': -1, 'C': -3, 'D': -2, 'E': 0, 'F': -3, 'G': -2, 'H': 0, 'I': -3, 'K': 2, 'L': -2, 'M': -1, 'N': 0, 'P': -2, 'Q': 1, 'R': 5, 'S': -1, 'T': -1, 'V': -3, 'W': -3, 'Y': -2}, 'S': {'A': 1, 'C': -1, 'D': 0, 'E': 0, 'F': -2, 'G': 0, 'H': -1, 'I': -2, 'K': 0, 'L': -2, 'M': -1, 'N': 1, 'P': -1, 'Q': 0, 'R': -1, 'S': 4, 'T': 1, 'V': -2, 'W': -3, 'Y': -2}, 'T': {'A': 0, 'C': -1, 'D': -1, 'E': -1, 'F': -2, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -1, 'K': -1, 'L': -1, 'M': -1, 'N': 0, 'P': -1, 'Q': -1, 'R': -1, 'S': 1, 'T': 5, 'V': 0, 'W': -2, 'Y': -2}, 'V': {'A': 0, 'C': -1, 'D': -3, 'E': -2, 'F': -1, 'G': -3, 'H': -3, 'I': 3, 'K': -2, 'L': 1, 'M': 1, 'N': -3, 'P': -2, 'Q': -2, 'R': -3, 'S': -2, 'T': 0, 'V': 4, 'W': -3, 'Y': -1}, 'W': {'A': -3, 'C': -2, 'D': -4, 'E': -3, 'F': 1, 'G': -2, 'H': -2, 'I': -3, 'K': -3, 'L': -2, 'M': -1, 'N': -4, 'P': -4, 'Q': -2, 'R': -3, 'S': -3, 'T': -2, 'V': -3, 'W': 11, 'Y': 2}, 'Y': {'A': -2, 'C': -2, 'D': -3, 'E': -2, 'F': 3, 'G': -3, 'H': 2, 'I': -1, 'K': -2, 'L': -1, 'M': -1, 'N': -2, 'P': -3, 'Q': -1, 'R': -2, 'S': -2, 'T': -2, 'V': -1, 'W': 2, 'Y': 7} } def __init__(self, matrix: Dict[str, Dict[str, int]] = BLOSUM62, no_match_score: int = 0): """ Initialize the scoring matrix. Args: matrix (Dict[str, Dict[str, int]]): The scoring matrix. Returns: """ self._matrix = matrix self._no_match_score = no_match_score def score(self, residue1: str, residue2: str) -> int: """ Returns the score of the two residues. Args: residue1 (str): The first residue. residue2 (str): The second residue. Returns: int: The score of the two residues. """ row = self._matrix.get(residue1, None) if row is None: return self._no_match_score return row.get(residue2, self._no_match_score)Class variables
var BLOSUM62
Methods
def score(self, residue1: str, residue2: str) ‑> int-
Returns the score of the two residues.
Args
residue1:str- The first residue.
residue2:str- The second residue.
Returns
int- The score of the two residues.
Expand source code
def score(self, residue1: str, residue2: str) -> int: """ Returns the score of the two residues. Args: residue1 (str): The first residue. residue2 (str): The second residue. Returns: int: The score of the two residues. """ row = self._matrix.get(residue1, None) if row is None: return self._no_match_score return row.get(residue2, self._no_match_score)